冷凍・冷蔵倉庫と低温物流に使える補助金：成長加速化補助金なら最大5億円
冷凍・冷蔵倉庫の建設に使える国の補助金は、主に中小企業成長加速化補助金（上限5億円・1/2）と、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の新事業進出枠です。冷凍・冷蔵倉庫の新設も、売上の成長につながる1億円以上の投資であれば、中小企業成長加速化補助金（補助率1/2・上限5億円）の対象になりえます。建屋は建物費、冷凍機などの設備は建物附属設備か機械装置かの区分を、申請時と交付申請時でそろえる必要があります。
制度の内容は 2026/11/10 に公募要領等で最終確認しました。
- 補助率・上限
- 1/2・5億円
- 投資額の要件
- 1億円以上
- 冷凍・冷蔵倉庫と低温物流に関わる採択事業名
- 3件
出典 5
冷凍・冷蔵倉庫と低温物流に使える国の主な補助金の比較
建屋の建設まで補助の対象になる国の補助金は、主に中小企業成長加速化補助金（上限5億円・1/2）と、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の新事業進出枠（上限7,000万円・特例9,000万円）です。中小企業省力化投資補助金（一般型）は建物の取得費用が対象外で、自動化の設備・システムに使う制度です。投資額が15億円を超えるなら、大規模成長投資補助金（上限50億円・1/3）も候補になります。
| 制度 | 補助上限 | 補助率 | 建物費 | 規模の目安 | 主な要件 | 公募 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 中小企業成長加速化補助金6 | 5億円 | 1/2 | 対象（建物の建設・改修。単なる購入・賃貸は対象外） | 投資額1億円以上（税抜）。売上高10億円以上100億円未満の中小企業 | 100億宣言の公表、1人当たり給与支給総額の年平均上昇率4.5%以上 | 3次公募は受付終了。4次は未発表 |
| 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（新事業進出枠）（新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第2回）1.0版 表紙・p8・p11・p28） | 7,000万円（賃上げ特例9,000万円）※従業員101人以上の場合 | 1/2（特例2/3） | 新事業進出枠・グローバル枠のみ対象（単なる購入・賃貸は対象外） | 補助下限額750万円 | 付加価値額の年平均成長率4.0%以上、1人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5%以上など | 第2回公募：2026年12月25日（金）15:00締切 |
| 中小企業省力化投資補助金（一般型）（中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第9回）p8・p22） | 8,000万円（大幅賃上げ特例1億円）※従業員101人以上の場合 | 1/2（特例2/3） | 対象外（土地・建物・構築物の取得費用は対象外） | 機械装置・システム構築費が必須 | 省力化につながる設備・システムの導入 | 第9回公募7 |
| 中堅・中小企業の大規模成長投資補助金（100億宣言枠）（成長加速化補助金 3次公募要領 概要資料 p9） | 50億円 | 1/3 | 要確認8 | 投資額15億円以上 | 100億宣言枠は100億宣言と賃上げ率4.5%以上（枠以外は投資額20億円以上・賃上げ率5.0%以上） | 別の事務局が案内 |
国が支出する他の制度と同一または類似内容の事業に、重複して補助金を受けることはできません9。どの制度が合うかは、投資額・売上規模・投資の目的で決まります。迷ったら、相談の中で整理します。
冷凍・冷蔵倉庫と低温物流に関わる採択事業名（3件）
1次・2次の採択430件のうち、補助事業名に「冷凍」「冷蔵」「低温」「温度管理」などを含むものは3件（1次3件・2次0件）でした。本社所在地は北海道1件、鳥取県1件、広島県1件などです。事業名の語で抜き出したため、施設の種類と完全には一致しない場合があります。
| 補助事業名 | 本社 | 公募 |
|---|---|---|
| 大型保管倉庫新設による最大保管量の倍増や最適な温度管理、作業効率化を実現!5年で売上高2倍、増収増益及び従業員への利益還元を目指す事業 | 北海道 | 1次 |
| 水産資源及び加工技術を活かした、持続的かつ成長性ある冷凍水産ビジネスモデルの確立 | 鳥取県 | 1次 |
| 丸型冷凍たこ焼き事業進出による新市場開拓へのチャレンジ | 広島県 | 1次 |
何が補助の対象になるか
建屋と設備をまとめて計画できる
建物費・機械装置費・ソフトウェア費は合算して投資額になります。冷凍・冷蔵倉庫の建屋と、設備・倉庫管理システムを一体の補助事業として計画します。1
設備の区分は申告時とそろえる
経費の区分は、申請時の申告と一致させる必要があります。冷凍設備を建物附属設備として建物費に入れるか、機械装置費に入れるかは、耐用年数の区分とあわせて事前に整理します。2
単価100万円以上・相見積
機械装置等は単価100万円（税抜）以上が対象で、交付申請では原則2者以上の相見積が要ります。3
審査で問われやすいこと（当社の見方）
冷凍・冷蔵の能力を増やすことで、取扱品目・取引先・売上がどう増えるか（たとえば冷凍食品の受託、産地からの直接仕入れ）を、計画の中心に置くと当社は考えています。
電気代の増加を含めた収支と、賃上げの原資をどう確保するかも、実現可能性として問われやすい点です（当社の見方。審査の観点：3次公募要領 p21〜p22）。
参考までに、2次公募の採択者の売上高投資比率（最新決算期の全社売上高に対する、補助事業全体に要する経費の割合）の中央値は54.7%（申請全体は38.5%）、補助事業全体に要する経費の中央値は11.3億円でした4。
補助額の試算
よくある質問
Q. 冷凍機・冷凍設備は補助の対象ですか？
A. 投資計画に不可欠で、単価100万円（税抜）以上などの要件を満たす設備は、建物費（建物附属設備）または機械装置費の対象になりえます。区分は申請時の申告とそろえます10。
Q. 冷凍倉庫向けの、ほかの補助金と併用できますか？
A. 国が支出する他の制度と同一または類似内容の事業に対して、重複して補助金を受けることはできません11。成長加速化補助金は、売上100億円をめざす1億円以上の投資が前提です12。どの制度を使うかは、投資の規模と目的で選びます。
Q. 食品メーカーが自社の冷凍倉庫を建てる場合も対象ですか？
A. 食品メーカーの自社倉庫も、要件を満たせば申請できます。倉庫が売上の成長にどうつながるか（増産・新しい販路など）を計画で示します。
Q. 着工を急いでいます。採択の前に発注してもよいですか？
A. 交付決定より前に契約・発注（発注先への内示を含む）した経費は、採択後であっても補助の対象外です13。着工の時期は、交付決定から逆算して決めます。
冷凍・冷蔵倉庫と低温物流の計画で、使えるかを60分で確かめる
構想段階のままで大丈夫です。60分で、使えるかどうかと準備の順番をお伝えします。見積・図面・決算書は、なくても構いません。使えない場合や、今回は見送るべき場合は、そうお伝えします。
まず要件だけ確かめたい方は 5問の診断 へ。
出典
- 3次公募要領 p1・p9〜p11
- 3次公募要領 p14
- 3次公募要領 p10・p13
- 概要資料 p12
- 3次公募要領 p1・p12、100億企業成長ポータル 1次・2次採択者一覧（公開情報）
- 3次公募要領 Ver1.4 p1・p2・p5・p9・p12
- 公募要領を公開中
- 公募要領 制度の公募要領で確認
- よくある質問 A26
- 3次公募要領 p9〜p10・p14
- よくある質問 A26、3次公募要領 p7
- 3次公募要領 p1
- 3次公募要領 p17・p23、よくある質問 A4
公開日 2026/11/10／更新日 2026/11/10