物流センター・物流拠点に使える補助金：成長加速化補助金なら最大5億円
物流センターの新設に使える国の補助金は、主に中小企業成長加速化補助金（上限5億円・1/2）と、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の新事業進出枠です。物流センターや中継拠点の新設は、中小企業成長加速化補助金で建屋・マテハン設備・システムをまとめて計画できます。公道を走る車両は対象外です。運送・3PLだけでなく、卸売・メーカーの自社物流拠点の採択もあります。
制度の内容は 2026/11/10 に公募要領等で最終確認しました。
- 補助率・上限
- 1/2・5億円
- 投資額の要件
- 1億円以上
- 物流センター・物流拠点に関わる採択事業名
- 17件
出典 4
物流センター・物流拠点に使える国の主な補助金の比較
建屋の建設まで補助の対象になる国の補助金は、主に中小企業成長加速化補助金（上限5億円・1/2）と、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の新事業進出枠（上限7,000万円・特例9,000万円）です。中小企業省力化投資補助金（一般型）は建物の取得費用が対象外で、自動化の設備・システムに使う制度です。投資額が15億円を超えるなら、大規模成長投資補助金（上限50億円・1/3）も候補になります。
| 制度 | 補助上限 | 補助率 | 建物費 | 規模の目安 | 主な要件 | 公募 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 中小企業成長加速化補助金5 | 5億円 | 1/2 | 対象（建物の建設・改修。単なる購入・賃貸は対象外） | 投資額1億円以上（税抜）。売上高10億円以上100億円未満の中小企業 | 100億宣言の公表、1人当たり給与支給総額の年平均上昇率4.5%以上 | 3次公募は受付終了。4次は未発表 |
| 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（新事業進出枠）（新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第2回）1.0版 表紙・p8・p11・p28） | 7,000万円（賃上げ特例9,000万円）※従業員101人以上の場合 | 1/2（特例2/3） | 新事業進出枠・グローバル枠のみ対象（単なる購入・賃貸は対象外） | 補助下限額750万円 | 付加価値額の年平均成長率4.0%以上、1人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5%以上など | 第2回公募：2026年12月25日（金）15:00締切 |
| 中小企業省力化投資補助金（一般型）（中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第9回）p8・p22） | 8,000万円（大幅賃上げ特例1億円）※従業員101人以上の場合 | 1/2（特例2/3） | 対象外（土地・建物・構築物の取得費用は対象外） | 機械装置・システム構築費が必須 | 省力化につながる設備・システムの導入 | 第9回公募6 |
| 中堅・中小企業の大規模成長投資補助金（100億宣言枠）（成長加速化補助金 3次公募要領 概要資料 p9） | 50億円 | 1/3 | 要確認7 | 投資額15億円以上 | 100億宣言枠は100億宣言と賃上げ率4.5%以上（枠以外は投資額20億円以上・賃上げ率5.0%以上） | 別の事務局が案内 |
国が支出する他の制度と同一または類似内容の事業に、重複して補助金を受けることはできません8。どの制度が合うかは、投資額・売上規模・投資の目的で決まります。迷ったら、相談の中で整理します。
物流センター・物流拠点に関わる採択事業名（17件）
1次・2次の採択430件のうち、補助事業名に「物流」「配送」「ロジスティクス」「中継」などを含むものは17件（1次5件・2次12件）でした。本社所在地は愛知県4件、埼玉県2件、東京都2件などです。事業名の語で抜き出したため、施設の種類と完全には一致しない場合があります。
| 補助事業名 | 本社 | 公募 |
|---|---|---|
| 人的資本と効率物流の融合による次世代物流モデルの確立 | 埼玉県 | 1次 |
| 物流DX・産廃DXによる家具物流の革新を実現 | 埼玉県 | 1次 |
| 設置型社食事業の物流・製造における機械化・省人化 | 東京都 | 1次 |
| 大規模物流センターの新設による3PLサービスの提供と物流効率化への貢献 | 愛知県 | 1次 |
| DX型物流拠点新設による地域経済の牽引 | 山口県 | 1次 |
| 大規模中継ハブ拠点新設とAI・DX統合基盤による国産農産物の全国ロジスティック強靭化プロジェクト | 青森県 | 2次 |
| 千葉県初、3D自動倉庫導入による次世代EC物流プラットフォーム構築事業 | 千葉県 | 2次 |
| 八街新物流センター建設事業 | 千葉県 | 2次 |
| 大規模倉庫新設による物流効率化・事業成長を目指すプロジェクト | 東京都 | 2次 |
| 物流ハブ拠点を活用した中継輸送および混載物流による物流効率化への取り組み | 静岡県 | 2次 |
| 抹茶の輸出拡大を支えるOEM・物流一体型輸出基盤整備事業 | 静岡県 | 2次 |
| 高度なロジスティクスを活用した危険物商品の製造販売 | 愛知県 | 2次 |
| タイヤ保管・物流・販売機能の一体化による成長基盤構築事業 | 愛知県 | 2次 |
| 物流課題解決に向けオーダーメイドトラック製造の中部トップ企業が地方ニーズに対応 | 愛知県 | 2次 |
| 日本のGXと稼ぐ労働力に貢献:ドライアイス事業急拡大に向けた製造・物流拠点整備拡張事業 | 大阪府 | 2次 |
| 美容商材流通規模拡大に向けた受発注・物流機能化事業 | 広島県 | 2次 |
| 「整備能力の抜本的拡張」と「中古車両販売の強化」を両輪とする、高収益事業モデルへの転換〜戦略的設備投資による売上拡大と、地域物流インフラへの貢献〜 | 愛媛県 | 2次 |
何が補助の対象になるか
建屋・設備・システムを一体で
建物費・機械装置費・ソフトウェア費の合計が1億円以上で、1つの補助事業として一体的な計画であることが必要です。複数の拠点でも、目的・内容が一体的なら応募できます。1
車両は対象外
公道を走る車両は対象外です。構内だけで使う機械（フォークリフト等）の扱いは、要領の条件で確認します。2
実施場所は後から変えられない
交付決定後に事業実施場所を変えることは原則認められません。用地の見通しは申請前に固めます。1
審査で問われやすいこと（当社の見方）
拠点ができることで、配送エリア・取扱量・荷主がどう増えるかを、売上高成長率の根拠として示すことが軸になると当社は考えています。
人手不足の中で、自動化・省人化で1人当たりの付加価値をどう上げるかも、計画で問われやすい点です（審査の観点：3次公募要領 p21〜p22）。
参考までに、2次公募の採択者の売上高投資比率（最新決算期の全社売上高に対する、補助事業全体に要する経費の割合）の中央値は54.7%（申請全体は38.5%）、補助事業全体に要する経費の中央値は11.3億円でした3。
補助額の試算
よくある質問
Q. トラックの購入費は対象ですか？
A. 公道を走る車両は対象外です9。
Q. 複数の拠点を同時に整備できますか？
A. 事業実施場所が複数でも、補助事業の目的・内容が一体的であれば応募できます1。
Q. 運送会社でも使えますか？
A. 業種で一律に除外されてはいません。中小企業者の定義と売上高などの要件を満たせば申請できます10。
Q. 着工を急いでいます。採択の前に発注してもよいですか？
A. 交付決定より前に契約・発注（発注先への内示を含む）した経費は、採択後であっても補助の対象外です11。着工の時期は、交付決定から逆算して決めます。
物流センター・物流拠点の計画で、使えるかを60分で確かめる
構想段階のままで大丈夫です。60分で、使えるかどうかと準備の順番をお伝えします。見積・図面・決算書は、なくても構いません。使えない場合や、今回は見送るべき場合は、そうお伝えします。
まず要件だけ確かめたい方は 5問の診断 へ。
出典
- 3次公募要領 p1
- 3次公募要領 p12、よくある質問 A58
- 概要資料 p12
- 3次公募要領 p1・p12、100億企業成長ポータル 1次・2次採択者一覧（公開情報）
- 3次公募要領 Ver1.4 p1・p2・p5・p9・p12
- 公募要領を公開中
- 公募要領 制度の公募要領で確認
- よくある質問 A26
- 3次公募要領 p12
- 3次公募要領 p1〜p7
- 3次公募要領 p17・p23、よくある質問 A4
公開日 2026/11/10／更新日 2026/11/10